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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
09/01/2023 |
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Data da última atualização: |
09/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARIYOSHI, C.; SANT'ANA, G. C.; FELICIO, M. S.; SERA, G. H.; NOGUEIRA, L. M.; RODRIGUES, L. M. R.; FERREIRA, R. V.; SILVA, B. S. R. da; RESENDE, M. L. V. de; DESTÉFANO, S. A. L.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
CAROLINE ARIYOSHI, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; GUSTAVO CÉSAR SANT'ANA, TROPICAL MELHORAMENTO & GENÉTICA; MARIANE SILVA FELICIO, INSTITUTO DE DESENVOLVIMENTO RURAL DO PARANÁ; GUSTAVO HIROSHI SERA, INSTITUTO DE DESENVOLVIMENTO RURAL DO PARANÁ; LIVIA MARIA NOGUEIRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUCAS MATEUS RIVERO RODRIGUES, INSTITUTO AGRONÔMICO; RAFAELLE VECCHIA FERREIRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; BRUNA SILVESTRE RODRIGUES DA SILVA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; MÁRIO LÚCIO VILELA DE RESENDE, UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS; SUZETE APARECIDA LANZA DESTÉFANO, INSTITUTO BIOLÓGICO; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, ESCOLA SUPERIOR DE AGRICULTURA LUIZ DE QUEIROZ; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa. |
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Título: |
Genome-wide association study for resistance to Pseudomonas syringae pv. garcae in Coffea arabica. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 13, article 989847, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2022.989847 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacteria halo blight (BHB), a coffee plant disease caused by Pseudomonas syringae pv. garcae, has been gaining importance in producing mountain regions and mild temperatures areas as well as in coffee nurseries. Most Coffea arabica cultivars are susceptible to this disease. In contrast, a great source of genetic diversity and resistance to BHB are found in C. arabica Ethiopian accessions. Aiming to identify quantitative trait nucleotides (QTNs) associated with resistance to BHB and the influence of these genomic regions during the domestication of C. arabica, we conducted an analysis of population structure and a Genome-Wide Association Study (GWAS). For this, we used genotyping by sequencing (GBS) and phenotyping for resistance to BHB of a panel with 120 C. arabica Ethiopian accessions from a historical FAO collection, 11 C. arabica cultivars, and the BA-10 genotype. Population structure analysis based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs) markers showed that the 132 accessions are divided into 3 clusters: most wild Ethiopian accessions, domesticated Ethiopian accessions, and cultivars. GWAS, using the single-locus model MLM and the multi-locus models mrMLM, FASTmrMLM, FASTmrEMMA, and ISIS EM-BLASSO, identified 11 QTNs associated with resistance to BHB. Among these QTNs, the four with the highest values of association for resistance to BHB are linked to g000 (Chr_0_434_435) and g010741 genes, which are predicted to encode a serine/threonine-kinase protein and a nucleotide binding site leucine-rich repeat (NBS-LRR), respectively. These genes displayed a similar transcriptional downregulation profile in a C. arabica susceptible cultivar and in a C. arabica cultivar with quantitative resistance, when infected with P. syringae pv. garcae. However, peaks of upregulation were observed in a C. arabica cultivar with qualitative resistance, for both genes. Our results provide SNPs that have potential for application in Marker Assisted Selection (MAS) and expand our understanding about the complex genetic control of the resistance to BHB in C. arabica. In addition, the findings contribute to increasing understanding of the C. arabica domestication history. MenosBacteria halo blight (BHB), a coffee plant disease caused by Pseudomonas syringae pv. garcae, has been gaining importance in producing mountain regions and mild temperatures areas as well as in coffee nurseries. Most Coffea arabica cultivars are susceptible to this disease. In contrast, a great source of genetic diversity and resistance to BHB are found in C. arabica Ethiopian accessions. Aiming to identify quantitative trait nucleotides (QTNs) associated with resistance to BHB and the influence of these genomic regions during the domestication of C. arabica, we conducted an analysis of population structure and a Genome-Wide Association Study (GWAS). For this, we used genotyping by sequencing (GBS) and phenotyping for resistance to BHB of a panel with 120 C. arabica Ethiopian accessions from a historical FAO collection, 11 C. arabica cultivars, and the BA-10 genotype. Population structure analysis based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs) markers showed that the 132 accessions are divided into 3 clusters: most wild Ethiopian accessions, domesticated Ethiopian accessions, and cultivars. GWAS, using the single-locus model MLM and the multi-locus models mrMLM, FASTmrMLM, FASTmrEMMA, and ISIS EM-BLASSO, identified 11 QTNs associated with resistance to BHB. Among these QTNs, the four with the highest values of association for resistance to BHB are linked to g000 (Chr_0_434_435) and g010741 genes, which are predicted to encode a serine/threonine-kinase protein and a nucleoti... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Arábica. |
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Thesaurus Nal: |
Disease resistance; Genome; Genome-wide association study; Pseudomonas syringae group. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1150817/1/Genome-wide-association-study.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Caprinos e Ovinos. Para informações adicionais entre em contato com cnpc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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Data corrente: |
22/08/2022 |
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Data da última atualização: |
22/08/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOURA, V. G. de; NEGREIROS, A. B.; SOUZA, I. G. de B.; SILVA, G. R. da; PEREIRA, F. de M.; DINIZ, F. M. |
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Afiliação: |
VANESSA GOMES DE MOURA, UFPI; ALINE BARBOSA NEGREIROS, RENORBIO/ UFPI; ISIS GOMES DE BRITO SOUZA, RENORBIO/ UFPI; GEICE RIBEIRO DA SILVA, UFPI; FABIA DE MELLO PEREIRA, CPAMN; FABIO MENDONCA DINIZ, CNPC. |
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Título: |
Transferabilidade de marcadores microssatélites desenvolvidos para abelhas Melipona subnitida e Melipona fasciculata em Melipona marginata (Lepeletier). |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 5., 2019,Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2022. 96 p. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 285). |
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Páginas: |
p. 91. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A Melipona marginata (Lepeletier) é uma abelha-sem-ferrão bastante exigente quanto à extensão do perímetro florestal para mantê-la geralmente presente em grandes áreas florestadas, pouco perturbadas. Essa espécie vem sofrendo com a degradação do seu habitat, sendo necessário elaborar estratégias para sua conservação. Dessa forma, os marcadores microssatélites constituem ferramentas importantes para estudos genético-populacionais. No entanto não existem marcadores específicos para M. marginata, sendo necessário o uso de marcadores heteroespecíficos desenvolvidos para outras espécies. Com este estudo, objetivou-se selecionar por amplificação cruzada marcadores microssatélites desenvolvidos para Melipona subnitida e Melipona fasciculata em M. marginata. |
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Palavras-Chave: |
Abelhas-sem-ferrão; Amplificação cruzada; Diversidade genética. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aA Melipona marginata (Lepeletier) é uma abelha-sem-ferrão bastante exigente quanto à extensão do perímetro florestal para mantê-la geralmente presente em grandes áreas florestadas, pouco perturbadas. Essa espécie vem sofrendo com a degradação do seu habitat, sendo necessário elaborar estratégias para sua conservação. Dessa forma, os marcadores microssatélites constituem ferramentas importantes para estudos genético-populacionais. No entanto não existem marcadores específicos para M. marginata, sendo necessário o uso de marcadores heteroespecíficos desenvolvidos para outras espécies. Com este estudo, objetivou-se selecionar por amplificação cruzada marcadores microssatélites desenvolvidos para Melipona subnitida e Melipona fasciculata em M. marginata.
653 $aAbelhas-sem-ferrão
653 $aAmplificação cruzada
653 $aDiversidade genética
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Registro original: |
Embrapa Caprinos e Ovinos (CNPC) |
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